Story

Wir befinden uns in der Welt von Sonic und CO. Es scheint alles normal und ruhig zu verlaufen, doch der Schein trügt. Von Eggman und den anderen Gegnern von Sonic fehlt jede Spur, so ist man also der Meinung die Welt hätte endlich den Frieden erlangt. Doch so ist es nicht. Im Verborgenen haben sich Eggman und seine Anhänger neue Partner gesucht, die ihm dabei helfen sollen, an einen bestimmten Stein, der in Holy Summit aufbewahrt ist, zu kommen. Der Stein ist eigentlich ein Juwel und verleiht dem Besitzer große Macht und Stärke. Er heißt Kalypro und wird von Wächtern immer bewacht und beschützt. Die Bösen haben sich "dunkle Alianz" getauft, sind jedoch im Verborgenen und warten darauf endlich ihr Unwesen zu treiben. Es ist eine Frage der Zeit bis sie einen Plan haben, den sie ausführen können um an das Juwel zu kommen.
Doch damit ist noch nicht alles abgetan; Die dunkle Alianz hat außerdem geplant Sonic und seine Freunde auseinander zubringen und nach und nach verschwinden zu lassen. Ein effektiver Plan, doch wird dieser auch aufgehen?
Und vor allem, was machen die Heroes? Diese sind auf der Suche nach den Chaos Emeralds, die das untreiben der Alienes stoppen soll.